เมื่อ Finch ได้ถูก Root แฮ็งค์เกอร์ระดับหัวกะทิจับตัวไป ทำให้ John ต้องออกตามหา โดยที่มี Carter และ Fusco คอยช่วยด้วย แต่สิ่งที่ John ต้องการคือ ความช่วยเหลือจาก The Machine ที่ Finch เป็นคนสร้าง แม้มันจะมีกฏบางข้อที่ Finch ห้าม Machine ไว้ก็ตาม John จะหาตัว Finch เจอหรือไม่ และ Root จับ Finch เพราะหวังจะควบคุม The Machine จริงหรือ