เจจุงวอน ตำนานแพทย์แห่งโชซอน เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับยุคที่การแพทย์แผนตะวันตกได้เข้ามาในช่วงยุคท้ายของโชซอน โดยมีการสร้างโรงพยาบาลตะวันตกแห่งแรกขึ้น ฮวางจอง (โซกึนแก) เป็นลูกคนฆ่าสัตว์ ซึ่งถือว่าเป็นชนชั้นต่ำที่ต่ำกว่าสามัญชน ได้ดิ้นรนจนสามารถก้าวขึ้นมาเป็นนักเรียนแพทย์ ของโรงเรียนแพทย์ เจจุงวอน ที่ตั้งขึ้นภายในการผลักดันของพระราชาโกจง แต่แล้วภายหลังความลับที่เขาเป็นชนชั้นต่ำก็ถูกเปิดเผย ทำให้เขาต้องถูกโทษประหาร ในที่สุดเนื่องจากความสามารถของเขา ทำให้เขาได้รับการอภัยโทษจากพระราชา และมีรับสั่งให้เลื่อนขึ้นจากชนชั้นต่ำ จนสามารถเป็นแพทย์ที่มีความสามารถในที่สุด ในระหว่างที่เขากำลังเข้ามาเป็นนักเรียนแพทย์ เข้าได้รู้จักกับคุณหนูซ๊อกรัน ลูกสาวขุนนางล่ามของโชซอน และเกิดรักกัน แต่ก็ได้พบกับคู่ปรับตลอดกาลของเขาและเป็นคู่หมั้นของคุณหนูซ๊อกรันทำให้เกิดความเข้าใจผิด และเชือดเฉือนกันมาโดยตลอด ช่วงปลายยุคโชซอน ญี่ปุ่นเริ่มบุกเข้ายึดครอง ฮวางจองจึงไปเข้าร่วมกับกองกำลังทหารอาสาเพื่อต่อต้านญี่ปุ่น แต่ก็ถูกญี่ปุ่นตีแตกพ่าย จึงได้กลับมาใช้ชีวิตเป็นแพทย์อีกครั้ง