เมื่อการปะทะกับดร.เอ้กแมน รุนแรงจนส่งผลให้จักรวาลสั่นคลอน โซนิคจึงต้องฝ่าฟันมิติคู่ขนาน เพื่อกลับไปหาเพื่อนๆ และกอบกู้โลกให้พ้นวิกฤต
