เรื่องราวเมื่อเหล่าเต่านินจาได้รู้ความจริงว่า อูซ ผู้ที่สร้างให้พวกมันเป็นสิ่งมีชีวิตกึ่งสัตว์กึ่งมนุษย์เป็นใคร มาจากไหน แต่กลับโดน ซูเปอร์ชเรดเดอร์ (เควิน แนช) แอบตามมาขโมยข้อมูล พร้อมบีบบังคับ อูซ ให้เพิ่มพลังอันแข็งแกร่งให้ตัวเขาเอง ศึกเพื่อพิสูจน์ว่าใครคือนินจานักสู้ตัวจริงจึงเริ่มขึ้น