เรื่องราวครั้งใหม่นี้กล่าวถึงความพยายามของ โมนาร์ซ สถาบันวิจัยสิ่งมีชีวิตขนาดยักษ์ที่ไม่สามารถระบุได้ เมื่อเหล่าสมาชิกในองค์กรต้องพบกับการต่อสู้กันระหว่างเหล่ามอนสเตอร์ยักษ์ ก็อตซิลล่า ปะทะกับ มอธร่า, โรแดน และคู่ปรับตัวฉกาจอย่าง คิงกิโดร่า เหล่าสัตว์ประหลาดโบราณไม่เป็นเพียงแค่ตำนาน พวกมันฟื้นขึ้นมาอีกครั้ง จึงต้องต่อสู้กันเพื่อความเป็นสุดยอด สะเทือนถึงการดำรงอยู่ของเผ่าพันธ์มนุษย์ที่เหมือนแขวนอยู่บนเส้นด้ายเต็มที
