ก่อนหน้าซูเปอร์แมน แบทแมน หรือสไปเดอร์แมน โลกมี เดอะ แฟนท่อม ที่ถือกำเนิดจากคิต วอล์คเกอร์ อดีตโจรสลัดผู้รอดชีวิตเมื่อ 400 ปีก่อน และ.อุทิศตัวปราบปรามเหล่าอาชญากรรม จากรุ่นสู่รุ่นทายาทของคิตจะสืบเจตนารมณ์บรรพบุรุษ เวลานี้คิตรุ่นที่ 21 ที่กำพร้าครอบครัวจากการปองร้ายของพี่น้องซิงห์ ต้องกลับไปยังเกาะหัวกะโหลก เพื่อสืบสานภารกิจป้องกันโลกในนาม เดอะแฟนท่อมยุคใหม่