มาพร้อมกับเรื่องราวน่าติดตามของหน่วยงานต่อต้านภัยเหนือธรรมชาติ สำหรับเรื่องราวของ Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D ซีซั่น 3 จะว่าด้วยเหตุการณ์หลังการต่อสู้ปะทะอย่างดุเดือดกับเจียหยิง (Jiaying) ซึ่งเป็นแม่ของสกาย (เจ้าหน้าที่เดซี จอห์นสัน) และภรรยาของ แคล (Calvin Zabo) พร้อมด้วยกองทัพ Inhuman ทำให้เจ้าหน้าที่โคลสัน และ เจ้าหน้าที่เดซี จอห์นสัน พร้อมด้วยทีม S.H.I.E.L.D จำต้องออกตามหามนุษย์ผู้มีพลังพิเศษเข้ามาร่วมทีมมากขึ้น แต่พวกเขาก็ได้รับรู้ว่า ยังมีคนกลุ่มอื่นอีกที่ต้องการตามหาตัวมนุษย์พิเศษ Inhuman เหล่านี้เช่นกัน Marvels Agents of S.H.I.E.L.D.