ราชินี ซอนต๊อก กล่าวถึงเรื่องราวขององค์หญิงต๊อกมานที่ถูกทอดทิ้ง ระหกระเหินออกจากวังหลวงด้วยเหตุอันมาจากคำพยากรณ์ที่เป็นอัปมงคล ต้องทนทุกข์ทรมานแสนสาหัส เผชิญกับการฝ่าฟันแย่งชิงอำนาจในวังหลวงจนกลายเป็นปฐมราชินีแห่งแคว้นซิลลา ราชินีซอนต๊อก

          มีซิลครองอำนาจล้นฟ้าในวังหลวง พระเจ้าจินพยองและมเหสีมายาให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝด สำหรับพระเจ้าจินพยองแล้ว การให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝดกลับเป็นสิ่งอัปมงคล ด้วยยึดติดกับคำพยากรณ์ที่ว่า "ให้กำเนิดลูกสาวฝาแฝด สิ้นชายครองบัลลังก์" พระเจ้าจินพยองทรงไม่มีทางเลือกจึงจำต้องส่งคนพาต๊อกมานพระธิดาฝาแฝดคนรองไป จากวังหลวง แต่มีซิลกลับส่งคนไปลอบสังหาร

          ขณะที่ต๊อกมานกำลังอยู่บนความเป็นความตายนั่นเองได้รับความช่วยเหลือจากมุ นโนแห่งสำนักองครักษ์ มุนโนมอบต๊อกมานให้อยู่ในอุปการะของโซวาซึ่งเป็นนางกำนัลของพระเจ้าจินพยอง โซวาพาต๊อกมานเดินทางไปยังทะเลทรายในแผ่นดินจีนโดยเปิดโรงเตี๊ยมเล็ก ๆ แห่งหนึ่งเพื่อยังชีพ

          มีซิลศัตรูที่ร้ายกาจขององค์หญิงต๊อกมานนั้นใช้ความงามจนเป็นที่โปรดปรานของ พระเจ้าจินฮึงและมีอำนาจล้นฟ้าในวังหลวง นางซึ่งมักใหญ่ใฝ่สูง หลังจากที่พระเจ้าจินฮึงสวรรคตแล้ว นางก็ให้การสนับสนุนพระเจ้าจินพยองซึ่งยังพระเยาว์ขึ้นครองราชย์

          หลัง จากที่พระมเหสีของพระเจ้าจินพยองให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝดแล้ว มีซิลก็ใช้ชีวิตของพระธิดาฝาแฝดข่มขู่พระเจ้าจินพยอง เพื่อที่นางจะได้ครองอำนาจล้นฟ้าตลอดไป โชคดีที่มุนโนและโซวาช่วยชีวิตต๊อกมานเอาไว้ ทำลายแผนการของมีซิลจนพังพินาศลง

          กระนั้นมีซิลก็ยังคงไม่ละทิ้งที่จะแสวงหาอำนาจมาครอบครอง ด้วยการวางแผนร้ายเพื่อให้สามีของนางได้ขึ้นครองบัลลังก์ เมื่อเป็นเช่นนี้จึงเห็นองค์หญิงชอน-มยองพี่สาวขององค์หญิงต๊อกมานเป็น เสี้ยนหนาม

          ในช่วงที่มีซิลมีอำนาจล้นฟ้า องค์หญิงชอน-มยองซึ่งมีไหวพริบสติปัญญาเฉลียวฉลาดเหนือคนธรรมดาก็ตัดสินใจ เก็บซ่อนอารมณ์ความรู้สึกเอาไว้เพื่อไม่ให้มีซิลรู้ แต่ในทุกครั้งที่ประสบวิกฤต ความสามารถและภาวะผู้นำขององค์หญิงชอน-มยองก็ปรากฏออกมาจนสามารถฝ่าฟันวิกฤต ไปได้ ทั้งที่องค์หญิงชอน-มยองและคิมยองซูแต่งงานกันจนมีลูกชายด้วยกันหนึ่งคนชื่อ ว่าคิมชุนชูก็ตาม แต่ดวงใจขององค์หญิงชอน-มยองกลับปฏิพัทธ์ต่อคิมยูซินซึ่งเคยช่วยชีวิตนางมา ก่อน

          คิมยูซินแม่ทัพแคว้นซิลลามีวรยุทธลึกล้ำ หลังจากที่ช่วยชีวิตองค์หญิงชอน-มยองให้รอดพ้นจากการปองร้ายของมีซิลแล้วก็ ได้รู้จักกับต๊อกมาน ในช่วงเวลาที่คิมยูซินให้ ความช่วยเหลือองค์หญิงต๊อกมาน สานความฝันที่จะรวบรวมสามแคว้นเป็นหนึ่งเดียวกันให้กลายเป็นจริงขึ้นมานั่น เอง