เรื่องย่อ ในตอนนี้ที่เมืองนิชิตะมาจิ ณ ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแผดที่สูงที่สุดในเมือง กำลังจะมีงานเปิดตัวตึก แต่บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกกลับถูกสังหารไปทีละคน ๆ นอกจากนี้องค์กรชุดดำที่ตามรอยเชอรี่ มาได้ก็มาที่ตึกทวินทาวเวอร์เช่นกัน ต่อมามีการระเบิดตึกทวินทาวเวอร์ นอกจากโคนันต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นแล้ว โคนันยังต้องหลบหนีจากองค์กรชุดดำอีกด้วย
