พวกเคโรโระได้พาฟุยูกิไปยังมาชูปิกชูเมืองลอยฟ้าในประเทศเปรูและ.ได้บังเอิญค้นพบโบราณสถานใต้ดิน จากนั้นก็เกิดมีดาร์คเคโรโระปรากฏตัวขึ้นประกาศว่าจะยึดครองโลกพวกเคโรโระจึงได้เข้าต่อสู้กับดาร์คเคโรโระเพื่อปกป้องเพโคปอง