ศึกสุดท้ายที่เดิมพันด้วยชะตากรรมของกาลเวลาได้เริ่มขึ้นแล้ว

ในคัมภีร์มีเรื่องเล่ากล่าวว่า ขบวนรถไฟผีสิงมีความลับที่ยิ่งใหญ่ซ่อนไว้อยู่ เพื่อล่วงรู้ความลับนั้น พวกโมโมทารอสจึงเริ่มเคลื่อนไหว ทว่าเบื้องหน้าพวกเขากลับมี "มาสค์ไรเดอร์ยูคิ" ซึ่งก็คอเรียวทาโร่ที่ถูกลักพาตัวไปและ.ถูกนำมาใช้เป็นเครื่องมือคอยขัดขวางอยู่!! การโจมตีของยูคิทำให้ยูโตะบาดเจ็บสาหัส ระหว่างนั้นเองเดนไลเนอร์ขบวนใหม่ก็ปรากฎตัวพร้อมกับนักรบเดนโอคนใหม่ เรื่องที่น่าตกใจกว่าก็คือเ"นิวเดนโอ" ที่แท้จริงแล้วเป็นหลานของเรียวทาโร่ที่มาจากอนาคต การต่อสู้ครั้งสุดท้ายกำลังท้าทายเรียวทาโร่และ.พวกโมโมทารอสอยู่!!